補助金の消費税は不課税｜仕入控除税額の返還と計算例

補助金の消費税は不課税です（消費税法基本通達5-2-15・国税庁 No.6157）。受け取っても課税売上にならず、課税売上割合にも入れません。補助金で買った設備の消費税は仕入税額控除できます（通達11-2-8）。消費税込みで交付を受けて控除したときは、その分を交付元へ返還します。

この記事でわかること

先に答え

国や自治体から受け取る補助金は、消費税の不課税（対象外）です。商品やサービスの代金ではなく、政策目的のために渡されるお金だからです。

ただし、補助金で買った設備や経費の消費税は、ふだんどおり仕入税額控除できます。消費税込みの金額で補助を受けて控除もすると、同じ消費税を二重に受け取る形です。そこで、控除した分を交付元へ返す手続きを交付要綱が定めています。

補助金の消費税区分と通達5-2-15の考え方

補助金の消費税区分とは、受け取った補助金を課税・非課税・不課税のどれで処理するかの判定です。消費税がかかるのは、事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡・貸付け・役務の提供だけです。補助金は何かを売った代金ではないため、課税の対象から外れます。

根拠は消費税法基本通達5-2-15で、本文は次のとおりです。

国税庁 No.6157「課税の対象とならないもの（不課税）の具体例」（令和8年4月1日現在法令等）も、(2)に「国または地方公共団体からの補助金や助成金等」を挙げています。会計ソフトで選ぶ税区分は「対象外」。

雇用調整助成金も不課税｜経費の支出が前提でも対価にならない

通達5-2-15には注があり、雇用調整助成金・職業転換給付金・障害者の雇用に関する助成金が例に出ています。これらは休業手当や賃金を払うことを前提に申請するものですが、それでも「資産の譲渡等の対価に該当しない」と明記されています。

経費の補てんとして受け取る助成金も、支払いと紐づいた給付金も、区分は同じ不課税です。

課税売上割合の分母にも入れない｜「非課税売上」と書かれた資料に注意

不課税と非課税は、どちらも消費税がかからない点は同じです。違うのは課税売上割合の計算で、国税庁 No.6209は「不課税取引は、そもそも消費税の適用の対象にならない取引ですから、分母にも分子にも算入しません」としています。非課税売上は分母に入ります。

交付元の説明資料には、補助金を「非課税売上」と書いたものもあります（秋田県の参考資料）。そのまま会計ソフトで「非課税売上」を選ぶと、課税売上割合が下がり、控除できる消費税が減ることがあります。税区分は対象外（不課税）で入力します。

名前が補助金でも課税になる受取り

国や自治体から受け取るお金でも、調査業務や事業の委託料のように、役務の提供の対価であれば課税売上です。判定は名目でなく中身で行います。交付決定通知書と委託契約書のどちらで受け取ったかが、最初の手がかりになります。

受け取ったお金の消費税区分を決める判定フロー

• 国・自治体・公的機関から受け取ったお金は、何の対価か
• STEP1交付決定通知書で受け取る補助金・助成金・奨励金か特定の政策目的の給付金 → 不課税（通達5-2-15・No.6157(2)）
• STEP2休業手当・賃金の支払いが前提の助成金か雇用調整助成金など → それでも不課税（通達5-2-15の注）
• STEP3委託契約で業務を請け負った代金か調査・運営などの委託料 → 役務の対価として 課税売上10%
• STEP4会計ソフトの税区分を選ぶ補助金は「対象外」。非課税売上を選ぶと課税売上割合が下がる（No.6209）

図：交付決定で受け取る補助金は不課税。委託契約の代金だけが課税売上になる。

補助金で買った設備・経費の仕入税額控除（通達11-2-8）

補助金で買った設備や支払った経費の消費税は、仕入税額控除の対象です。消費税法基本通達11-2-8は、課税仕入れに当たるかどうかは「資産の譲受け等のために支出した金銭の源泉を問わない」と定めています。

同じ通達は「保険金、補助金、損害賠償金等を資産の譲受け等に充てた場合であっても」、課税仕入れなら控除が適用されると続けます。収入側が不課税かどうかは、支出側の判定に影響しません。

補助事業で動くお金の消費税区分（2026年10月時点）

取引	消費税区分	会計ソフトの税区分	根拠
補助金・助成金の受取り	不課税	対象外	通達5-2-15・No.6157
補助金で買った機械・ソフトウエア	課税仕入れ10%	課税仕入10%	通達11-2-8
補助対象の外注費・広告費	課税仕入れ10%	課税仕入10%	通達11-2-8
補助対象の人件費（給与）	不課税	対象外	給与は対価を得て行う取引でない
補助金の一部を返還した	不課税	対象外	補助金の返還は資産の譲渡等の対価でない

「補助金が不課税だから、買った設備の消費税も控除できない」と考えると、控除を取りこぼすことになります。収入側と支出側は別々に判定してください。補助金の勘定科目（雑収入）と、設備に充てたときの圧縮記帳は、補助金・助成金の勘定科目と圧縮記帳の仕訳で整理しています。

消費税込みの補助金で返還が生じる仕組み

補助金の返還とは、補助金で払った消費税を確定申告で控除した場合に、その控除額に見合う補助金を交付元へ返す手続きです。税務署に追加で消費税を納めるのとは違います。返す先は補助金の交付元です。

経済産業省の「補助事業事務処理マニュアル」（令和3年1月）は、仕組みを次の設例で説明しています。

• 預かった消費税 1,000万円、支払った消費税 700万円で確定申告した
• 支払った700万円のうち200万円は、補助金で賄った経費の消費税だった
• 200万円は補助金として受け取っているのに、控除にも使われている

補助金で受け取った消費税分を控除にも使うと、その200万円は事業者が負担していない消費税になります。この重複を戻すのが「補助金に係る消費税仕入控除税額」の返還です。

補助対象経費を税抜で計上した補助金は返還が生じない

返還が問題になるのは、消費税を補助対象経費に含めて交付を受けた場合だけです。同じマニュアルは「補助事業において支払う消費税を補助対象として計上する場合には、補助金に係る仕入控除税額が発生する可能性」があると書いています。

補助対象経費を税抜で計上する制度なら、補助金に消費税分が入っていないので重複は起きません。公募要領・交付要綱の「補助対象経費」の欄で、消費税を含めるかどうかを最初に確認します。

報告から返還までの流れ

消費税込みで交付を受けた補助金の手続き（補助事業事務処理マニュアルの流れ）

順	手続き	時期の目安	見るところ
1	公募要領・交付要綱で消費税が補助対象か確認	申請前	「補助対象経費」「仕入控除税額の報告」の条項
2	実績報告書を提出	補助事業の完了後	控除額がこの時点で明らかなら減額して報告
3	消費税の確定申告	事業年度が4月〜3月なら翌年5月	申告方式・課税売上割合・控除額
4	仕入控除税額報告書を提出	確定申告の後すみやかに	0円でも提出を求める制度がある
5	返還命令・納入通知書で納付	交付元の通知後	返還額と納期限

マニュアルは「実績報告書作成時に補助金に係る消費税の仕入控除（又は還付）税額が明らかな場合は、その分を減額して報告してください」としています。確定申告より先に実績報告をするのが普通なので、多くは確定申告の後に報告と返還が来る流れです。

返還額が0円になるケースと報告の要否

返還が0円になるのは、補助金で払った消費税を実際には控除していないか、別の仕組ですでに控除を減らしている場合です。秋田県の参考資料と東京都保健医療局の手引（令和6年4月）は、0円になる条件をほぼ同じ形で挙げています。

仕入控除税額の返還が0円になる5つのケース（2026年10月時点）

ケース	0円になる理由	添付を求められやすい書類
①消費税の申告義務がない（免税事業者）	仕入税額控除そのものをしていない	設立・開業届の写しなど（新規の場合）
②簡易課税で申告している	控除額は売上×みなし仕入率で決まり、実際の支払消費税と連動しない	確定申告書の写し
③2割特例で申告している	納付税額を売上税額の2割とする計算で、実際の支払消費税と連動しない	確定申告書の写し
④公益法人等で特定収入割合が5%超	特定収入（補助金）で賄った分を控除から差し引く調整を済ませている	特定収入割合の計算表
⑤個別対応方式で「非課税売上のみに要するもの」として申告	非課税売上のみに要する課税仕入れは控除されない	付表2・勘定科目別の区分表

2割特例は、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日の属する課税期間に使える経過措置です（No.6498）。個人事業者なら2026年分の申告が最後です。3月決算の法人も、2026年4月1日から2027年3月31日までの事業年度が9月30日を含むため対象です。

0円でも報告書は出す

秋田県の資料には「仕入控除税額が0円でも、0円と記入して、県へ提出してください」とあります。東京都の手引も「仕入税額控除がない場合も、都への報告が必要です」としています。返還がないことと、報告が要らないことは別の話。

報告書には、確定申告書の写しや付表2を添えるよう求められることが多くあります。電子申告なら受信通知の写しで足りるかも、交付元の様式で確認します。

補助金の仕入控除税額を返還するかの判定フロー

• 補助対象経費に消費税を含めて交付を受けたか
• STEP1補助対象経費は税抜で計上された補助金に消費税分が入っていない → 返還は生じない
• STEP2免税事業者・簡易課税・2割特例で申告した実際の支払消費税を控除していない → 返還0円（報告は提出）
• STEP3公益法人等で特定収入割合が5%超、または非課税売上のみに要するもので申告控除はすでに減っている → 返還0円（計算表を添付）
• STEP4上のどれにも当たらない（原則課税で控除した）補助金額×10/110を基本に、申告方式ごとに返還額を計算する

図：返還が生じるのは、消費税込みで交付を受け、原則課税で実際に控除した場合だけ。

返還額の計算方法｜全額控除・個別対応・一括比例配分

返還額は、申告で使った仕入控除税額の計算方法で変わります。国税庁 No.6401のとおり、課税売上高5億円以下かつ課税売上割合95%以上なら全額控除です。それ以外は個別対応方式か一括比例配分方式で計算します。返還額の式もこの3通りに分かれます（秋田県の参考資料）。

仕入控除税額（返還額）の計算式（標準税率10%の経費の場合）

申告の方法	返還額の計算式
全額控除（課税売上高5億円以下・課税売上割合95%以上）	補助金額 × 10/110
個別対応方式	A＝補助金額 ×（課税売上対応分 ÷ 補助対象経費）× 10/110 B＝補助金額 ×（共通対応分 ÷ 補助対象経費）× 課税売上割合 × 10/110 返還額＝A＋B
一括比例配分方式	補助金額 ×（課税仕入れの額 ÷ 補助対象経費）× 課税売上割合 × 10/110

数字で比べる｜補助金3,300,000円の返還額

設例は、補助率2/3の補助事業です。機械装置2,970,000円（課税売上にのみ使う）と、システム構築費1,980,000円（課税・非課税の両方の売上に使う）を払い、補助対象経費は税込4,950,000円でした。補助金は3,300,000円、課税売上割合は80%です。

申告方法ごとの返還額（補助金3,300,000円・課税売上割合80%の設例）

申告の方法	計算	返還額
全額控除	3,300,000 × 10/110	300,000円
個別対応方式	A：3,300,000 × 0.6 × 10/110＝180,000 B：3,300,000 × 0.4 × 80% × 10/110＝96,000	276,000円
一括比例配分方式	3,300,000 × 80% × 10/110	240,000円
簡易課税・2割特例・免税事業者	計算しない	0円

同じ補助金でも、申告の方法で返還額は最大300,000円から0円まで動くわけです。個別対応方式では、補助対象経費を課税売上対応・共通対応・非課税売上対応のどれで申告したかが、そのまま返還額に出ます。用途区分の決め方は課税仕入れの勘定科目と消費税区分で確認できます。

人件費が混ざるときの按分と端数処理

補助対象経費に、人件費のように課税仕入れに当たらない経費が混ざることがあります。その場合は、補助金額を課税仕入れの割合で按分し、課税仕入れに係る部分だけを計算に使う決まりです（秋田県の参考資料）。

たとえば補助対象経費6,000,000円のうち人件費が1,050,000円、課税仕入れが4,950,000円で、補助金が4,000,000円だったとします。課税仕入れに係る補助金額は4,000,000円×4,950,000/6,000,000＝3,300,000円です。全額控除なら返還額は3,300,000円×10/110＝300,000円になります。

端数は、計算の途中では切り捨ても切り上げもせず、最後の返還額で小数点以下を切り捨てます（同資料）。交付元の計算シートが別の処理を定めていれば、そちらに従います。

軽減税率の経費・免税事業者からの仕入れが入るとき

上の式の10/110は、標準税率10%の経費を前提にしています。補助対象経費に軽減税率8%の品目や、適格請求書発行事業者でない相手からの仕入れが入ると、実際に控除した額は式どおりになりません。

免税事業者などからの課税仕入れは、経過措置の割合（80%・7・5・3割と段階的に縮小）だけが控除の対象です（No.6498）。返還の対象は「控除した額」なので、このような経費がある場合は、交付元の計算シートでの扱いを確認してから記入してください。

公益法人等・NPOの特定収入と補助金

公益法人等・NPO法人・社会福祉法人などでは、補助金を受け取ると消費税の申告そのものに調整が入るのが大きな違いです。国税庁 No.6495は、補助金・会費・寄附金など対価性のない収入を「特定収入」とし、これで賄った課税仕入れの消費税を仕入控除税額から差し引くと定めています。特定収入の例示には、補助金のほか保険金・損害賠償金も並びます。

特定収入の調整が要る法人と要らない法人（No.6495・2026年10月時点）

区分	補助金の扱い	返還の目安
株式会社・合同会社・個人事業主	不課税。特定収入の調整はない	原則課税で控除したら計算して返還
公益法人等・人格のない社団等で特定収入割合5%以下	特定収入だが調整は不要	原則課税で控除したら計算して返還
公益法人等・人格のない社団等で特定収入割合5%超（一般課税）	特定収入で賄った課税仕入れの消費税を控除から差し引く	0円（計算表を添付）
公益法人等で簡易課税	調整は不要	0円

特定収入割合は、特定収入の合計額を「課税売上高（税抜）＋免税売上高＋非課税売上高＋国外売上高＋特定収入の合計額」で割った割合です（No.6495）。5%を超えると、補助金で払った消費税は申告の段階ですでに控除から外れています。返還まですると二重に返すことになるため、返還額は0円。

寄付金を受け取る法人の特定収入は、寄付金の消費税は不課税｜協賛金の境目と現物寄付の仕訳でも扱っています。

補助金と消費税の仕訳例

仕訳の前提は、税抜経理・原則課税（全額控除）の法人です。上の設例（補助対象経費 税込4,950,000円・補助金3,300,000円）を、交付決定から返還の納付まで通します。

仕訳例1｜機械装置とシステム構築費を普通預金で支払った

借方	金額（円）	貸方	金額（円）	税区分
機械装置	2,700,000	普通預金	4,950,000	課税仕入10%
ソフトウエア	1,800,000			課税仕入10%
仮払消費税	450,000			－

補助金で払う予定の支出でも、課税仕入れとして仮払消費税を立てます（通達11-2-8）。

仕訳例2｜補助金3,300,000円の交付が決定した

借方	金額（円）	貸方	金額（円）	税区分
未収入金	3,300,000	雑収入	3,300,000	対象外

補助金は不課税なので仮受消費税は立てません。収益に計上する時期（支給決定基準）と圧縮記帳は751の記事で扱っています。

仕訳例3｜確定申告後に仕入控除税額300,000円の返還額が確定した

借方	金額（円）	貸方	金額（円）	税区分
雑損失	300,000	未払金	300,000	対象外

返還額は、返還命令などで金額が確定した時点で計上するのが一般的です。科目は「雑損失」のほか「補助金返還損」など、社内で決めた科目を続けて使います。補助金を受け取った事業年度のうちに返還額が分かれば、雑収入を減らす処理も選べます。

仕訳例4｜納入通知書で300,000円を納付した

借方	金額（円）	貸方	金額（円）	税区分
未払金	300,000	普通預金	300,000	対象外

補助金の消費税相当額300,000円を返還したときの仕訳（税抜経理・原則課税）

借方

雑損失　300,000（対象外）

貸方

未払金　300,000

図：返すのは消費税でなく補助金の一部。仮受消費税・仮払消費税は動かさず、税区分は対象外で入力する。

返還は消費税の申告に影響しません。補助金の返還は不課税なので、課税売上割合の計算にも入れません。

よくある質問

補助金と消費税でよく検索される6問です。

まとめ

補助金と消費税の扱いを1枚に整理します。

補助金と消費税 早見表（2026年10月時点）

場面	消費税区分	返還	会計ソフトの税区分
補助金・助成金を受け取った	不課税	－	対象外
補助金で設備・経費を払った	課税仕入れ	－	課税仕入10%
税抜の補助対象経費で交付を受けた	－	生じない	－
税込で交付・原則課税で控除した	－	計算して返還	対象外（返還時）
税込で交付・簡易課税／2割特例／免税	－	0円（報告は提出）	－
公益法人等で特定収入割合5%超	特定収入	0円（計算表を添付）	対象外
国・自治体からの委託料	課税売上10%	－	課税売上10%

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